Jose Javier Muñoz Romero es va llicenciar en Enginyeria Industrial a l'Escola Tècnica Superior d'Enginyeria Industrial de Barcelona (ETSEIB) de la Universitat Politècnica de Catalunya - BarcelonaTech (UPC) i a l'École Central Paris, el 1997. El 2004 va obtenir el títol de doctor a l'Imperial College de Londres, on va ser investigador postdoctoral el mateix any. Va ser research fellow al King's College de Londres durant un any, després del qual es va incorporar a la UPC com a investigador postdoctoral, l'any 2005. El 2009 va continuar a la Universitat com a professor lector, i posteriorment com a professor agregat, l'any 2013.

Des de l'any 2024, és catedràtic en l'àrea de Matemàtica Aplicada, adscrit al Departament de Matemàtiques de la UPC. Imparteix docència a l'Escola d'Enginyeria Barcelona Est (EEBE) i a la Facultat de Matemàtiques i Estadística (FME). Anteriorment, ha donat classes de grau i màster a l'Escola de Camins de Barcelona (ETSCCPB) i a l'Escola d'Enginyeria de Telecomunicació i Aeroespacial de Castelldefels (EETAC).

Durant els darrers quatre anys, ha estat secretari acadèmic de l'Institut de Matemàtiques (IMTech) i membre de la Comissió acadèmica del Doctorat en Matemàtica Aplicada i del Master in Advanced Mathematics and Mathematical Engineering. Des del 2025, forma part de la Junta de l'EEBE, on és també membre de la Comissió de Promoció, Entorn i Internacionalització.

En l'àmbit de la recerca, Jose Javier Muñoz és membre del Laboratori de Càlcul Numèric (LaCàN) i del Centre Internacional de Mètodes Numèrics en Enginyeria (CIMNE), del qual va ser membre garant de l'ajut Severo Ochoa. La seva recerca se centra en la modelització matemàtica i el desenvolupament de mètodes numèrics per la resolució de problemes de la mecànica computacional, amb aplicacions especialment en ciències biomèdiques.